Sebagai catatan, apabila dalam mengisi e-SPT ternyata ada pajak yang kurang bayar, maka Wajib Pajak terlebih dahulu membayar kekurangan tersebut ke Bank/Kantor Pos agar mendapatkan Nomor Transaksi Penerimaan Negara (NTPN). Nomor ini selanjutnya dicantumkan dalam e-SPT tadi.
Langkah terakhir, yaitu mengirimkan (submit) SPT elektonik (e-SPT) yang telah diisikan tadi dengan terlebih dahulu memasukkan kode verifikasi yang diperoleh dari Ditjen Pajak. Kode verifikasi ini berfungsi sebagai tanda tangan elektronik atau tanda tangan digital. Apabila telah selesai mengisi e-SPT dan dinyatakan lengkap – seluruh elemennya terisi – maka kepada Wajib Pajak akan diberikan Bukti Penerimaan Elektronik (BPE) sebagai tanda terima penyampaian SPT Tahunan melalui alamat emailnya. “Kita harapkan dengan tersedianya fasilitas e-filing melalui website www.pajak.go.id, Wajib Pajak, khususnya yang berstatus karyawan, dapat memanfaatkan ini untuk melaporkan SPT Tahunannya. Selain mudah dan gratis, fasilitas ini dapat dimanfaatkan kapan saja dan dimana saja asalkan ada koneksi internet,” pungkasnya.