Dikatakan, solusi komprehensif bagi penyelesaian masalah Papua, pada dasarnya merupakan upaya terpadu untuk menyelenggarakan fungsi pendidikan nasional yang efektif, pemerintahan yang bersih dan efektif, serta operasi pemulihan keamanan terpadu antara pemerintahan sipil di daerah dan fungsi keamanan dan ketertiban masyarakat oleh Polri, dan operasi perbantuan TNI terbatas untuk menghancurkan kekuatan bersenjata KKB.
Rekomendasi antara lain meliputi
• Perlu penunjukan diplomat orang asli Papua (OAP) yang memahami permasalahan Papua untuk meningkatkan diplomasi di luar negeri dan berbicara tentang Papua di forum internasional.
• Perlu segera melakukan pemekaran wilayah Papua (sesuai ketentuan perundang undangan) untuk dapat mempercepat peningkatan kesejahteraan masyarakat melalui pembangunan, dan membatasi ruang gerak dari KKB.
• Upaya intensif pembinaan generasi muda Papua (OAP) terutama mahasiswa, agar dapat memiliki jiwa nasionalisme yang tinggi dan tidak terpengaruh oleh paham separatis.
• Dirasa sangat perlu peningkatan kualitas SDM Kepala Daerah dengan memperbaiki sistem Pemilukada.
• Perlu mempercepat peningkatan kesejahteraan masyarakat Papua dan Papua Barat melalui pembangunan, dengan lebih memberdayakan Kementerian dan Lembaga Pemerintah terkait dan Pemerintah Daerah
• Terkait pelestarian budaya Papua, agar lebih diarahkan untuk pemberdayaan OAP sesuai potensi daerah setempat (pertanian/perkebunan, peternakan, pertambangan rakyat dan lain lain). Oleh karenanya perlu segera dilaksanakan kegiatan pendampingan, pembinaan dan pengawasan kepada Pemda dalam pengelolaan dana Otsus, dan APBD, serta Kepala Kampung dalam pengelolaan.
• Perlu dilakukan pendataan penduduk dengan baik (secara manual untuk daerah pegunungan) oleh BPS, agar dapat mengetahui dengan pasti jumlah dan tingkat kesejahteraan OAP yang ada di Papua dan Papua Barat, untuk dapat lebih memfokuskan sasaran pembangunan.
• Perlu upaya yang intensif untuk mencari sumber dana yang mengalir ke KKB, dan mengambil langkah hukum untuk memutus aliran dana tersebut.
• Perlu menyelesaikan tuduhan terjadinya kasus pelanggaran HAM sejak dimulainya upaya untuk mengatasi perlawanan OPM tahun 1965 sampai sekarang, melalui proses hukum dan juga penyelesaian sesuai dengan adat/budaya Papua.
• Perlu membuat pemetaan (data) tentang tingkatan budaya masyarakat dari masing masing daerah, agar dapat memahami kebutuhan masyarakat setempat, sebagai bahan pertimbangan dalam perencanaan dan pelaksanaaan pembangunan serta keamanan.
• Banyaknya tanah adat (ulayat) yang dijual, sehingga menyebabkan banyak OAP yang kesulitan dalam mendukung mata pencahariannya untuk kehidupan sehari hari, maka perlu ada larangan untuk menjual tanah adat (ulayat), namun dapat disewakan dalam waktu yang lama.
• Masih adanya perbedaan persepsi tentang sejarah Papua, untuk itu perlu menyusun kembali sejarah Papua yang lengkap (sejak sebelum kemerdekaan) oleh ahli sejarah nasional dan Papua, agar mampu menyentuh hati masyarakat Papua untuk bangga sebagai bangsa Indonesia.
• Dalam operasi pemulihan keamanan, perlu ada ketegasan rantai komando tunggal yang memadukan otoritas pemerintahan sipil dalam fungsi pemerintahan, Polri dalam fungsi kamtibmas, dan TNI dalam tugas pokok menghancurkan kekuatan militer KKB.
• Aparat keamanan khususnya satuan keamanan bersenjata (TNI, Brimob) perlu dipersiapkan/dilatih dengan baik sesuai tugas yang akan dihadapi, diberi pembekalan tentang aturan pelibatan (Rules of Engagement/RoE), adat istiadat/budaya masyarakat setempat, serta didukung dengan alat peralatan dan sarana prasarana yang memadai sesuai dengan kondisi daerah tempatnya bertugas.
• Perlu segera menerbitkan Perpres tentang pelibatan TNI dalam operasi perbantuan kepada pemerintahan sipil di masa damai.
