ISKA dibentuk di Jakarta pada 22 Mei 1958 dengan nama Ikatan Katolik Sarjana dan Cendekiawan (IKS).
Nama Ikatan Sarjana Katolik Indonesia (ISKA) baru mulai digunakan setelah musyawarah nasional (Munas) di Bandung, pada 3-5 September 1964. Kini dipimpin Luky A. Yusgiantoro B.SC., M.SC., PH.D., ISKA tersebar di 24 provinsi setingkat Dewan Pimpinan Daerah (DPD) dan 125 kota/kabupaten setingkat Dewan Pimpinan Cabang.
Sejak 2022, posisi ISKA kian meluas di latar internasional.
Prasetyo Nurhardjanto, Presidium Organisasi dan Hubungan Antar-Lembaga ISKA terpilih sebagai Vice Presiden (VP) The International Catholic Movement for Intellectual and Cultural Affairs (ICMICA) Pax Romana periode 2022-2025.
